Organem uprawnionym do reprezentowania podmiotu jest Zarząd. Oświadczenia woli w imieniu Fundacji składa dwóch Członków Zarządu łącznie. Wewnętrznym organem nadzorczym Fundacji jest Rada Fundacji.

Zarząd

Julita Wilczek
Członek Zarządu
W Zarządzie od 1 marca 2016 r. Ekspert Instytutu w obszarze społeczeństwa obywatelskiego. W latach 2012-2016 Kierownik Organizacyjny Instytutu.
dr Piotr Koryś
Członek Zarządu
W Zarządzie od 1 listopada 2018 r. Ekspert Instytutu w obszarze gospodarki. Wykładowca Wydziału Nauk Ekonomicznych UW.

Rada Fundacji

Leszek Skiba
Przewodniczący Rady
Były ekspert Instytutu w obszarze ekonomia polityczna. W latach 2011-2013 Członek Zarządu. Obecnie Podsekretarz Stanu w Ministerstwie Finansów.
Paweł Szałamacha
Członek Rady
Fundator Instytutu Sobieskiego. W latach 2008-2011 Prezes Zarządu. Obecnie Członek Zarządu Narodowego Banku Polskiego.
Paweł Soloch
Członek Rady
Były Ekspert w obszarze bezpieczeństwa. W latach 2013-2015 Prezes Instytutu. Obecnie Sekretarz Stanu w Kancelarii Prezydenta - Szef Biura Bezpieczeństwa Narodowego.
Mirosław Gruszka
Członek Rady
Fundator Instytutu Sobieskiego. Przedsiębiorca.

Fundatorzy

Paweł Szałamacha
Członek Rady
Fundator Instytutu Sobieskiego. W latach 2008-2011 Prezes Zarządu. Obecnie Członek Zarządu Narodowego Banku Polskiego.
Ryszard Sowiński
Fundator
Dr hab, prof. Wyższej Szkoły Bankowej w Poznaniu. Prawnik, zajmuje się doradztwem strategicznym.
Mirosław Gruszka
Członek Rady
Fundator Instytutu Sobieskiego. Przedsiębiorca.

Zespół organizacyjny

Aleksandra Stryjek
Kierownik organizacyjny
W Instytucie od czerwca 2017 r. Zajmuje się sprawami organizacyjnymi, finansowymi i kontaktem z mediami. Odpowiada za projekt "Zmieniam Warszawę".
Mateusz Piotrowski
Asystent Zarządu
W Instytucie od listopada 2017 r. Pisze ekspertyzy i pracuje przy projektach Zbudujmy Lotnisko i Akademia Sobieskiego.